西南大学药学院成立于2006年4月30日，位于重庆市北碚区西南大学南区内。北纬29°49’05”、东经106°24’53”, 海拔265米。蜿蜒西去的缙云山被奔腾南流的嘉陵江拦腰折断后在这里铸造了风景秀丽、人杰地灵的“西大药谷”。绿叶扶疏、苍翠欲滴，芳草嘉木、含英咀华。既可晨观缙云沧海又能夜听嘉陵涛声。学院距重庆江北国际机场34公里40分钟车程（G5001重庆绕城高速），距重庆火车北站（龙头寺）42公里46分钟车程(G75兰海高速)。
学院师资结构合理、充满活力。现有教职员工77名, 专任教师56名，其中教授和研究员16名（其中二级教授2名、三级教授3名）；副教授、高级工程师和高级实验师24名。
现有博士生导师9名（黄承志、李学刚、徐晓玉、胡昌华、宋杨、付志锋、陈敏、李翀、辛文宽）, 硕士生导师33名。具有博士学位的专任教师47名，占专任教师的83.9%；31名教职工有海外留学或工作经历，占专任教师的55.4%。此外, 还聘请了中国科学院孙汉董院士、英国The University of Sheffield 陈蓓宁教授、澳大利亚University of Wollongong黄旭枫教授、美国University of Georgia傅振芳教授为我院客座教授, 聘请了中国科学院张玉奎院士、中国药科大学姚文兵教授、复旦大学陆伟跃教授、清华大学林金明教授等10余名国内外著名教授和制药工程师为本院兼职教授。
学院设置了化学药学、生物药学、中药学、药理学、药物制剂、药物分析学和制药工程7个教研室。与重庆市第九人民医院共建临床药学教研室, 与重庆市北碚中医院共建药物制剂工程中心。建筑面积8000多平方米，建有面向社会人才培养与科学研究服务的西南大学药学院分析测试中心、重庆市创新药物质量控制平台和西南大学药学院SPF级实验动物中心等公用平台，有包括400M核磁共振仪、MALDI-TOF/TOF生物质谱分析仪、三重四级杆液质联用仪、小动物活体成像分析系统、高效液相色谱仪、紫外-可见分光光度计、荧光分光光度计、荧光显微成像分析系统、傅里叶变换红外光谱仪、热分析仪和激光粒度仪等价值3000多万元的教学和科研仪器设备。
学院坚持“以人为本、学术立院、突出特色、崇尚创新”的办学理念，笃信“今天的学生是明天的领袖和校友（Today’s students are tomorrow’s leaders and alumni）”。通过建设高水平的师资队伍和建立现代化的药学人才培养平台实施创新办学, 努力造就未来（shape the next）。
学院本科人才培养始于1995年,是国家首批培养“生物制药”专业人才的5个单位之一、是教育部批准（2012）的全国14个药学和中药学与生物制药类专业人才培养的《国家级药学实验教学示范中心》之一和全国首批（2014）2个国家级药学虚拟仿真实验教学中心之一。1997年创办药学本科专业、2001年创办化工制药本科专业。现设有药学和制药工程2个本科专业, 分别授理学和工学学士学位，为制药企业、高校和科研院所培养药学类专门人才。
现有在校本科学生770名。作为2011协同创新人才培养的探索，学院与重庆希尔安药业有限公司联合建立了校企合作人才培养的“希尔安”班。研究生培养始于1994年。2000年开始培养生物药物分析方向科学硕士和博士研究生，2003年获得《药用资源化学》博士和《微生物与生化药学》科学硕士学位授予权, 2005年获得《药物分析学》科学硕士授予权, 2010年获准培养《制药工程》领域专业硕士，2011年获得《中药学》一级学科科学硕士学位授予权，2014年获准《中药学》专业硕士。2012年《中药学》一级学科被评为重庆市重点学科、《中药药理学》和《中药化学》被评为国家中医药管理局重点学科。根据现代药学发展需求，经教育部批准，2012年《药用资源化学》博士点更名为《生物药学》点，授理学博士学位，同时招收《生物药学》硕士研究生。
2014年，国家人事部批准设立药学一级学科博士后流动站。全日制在校全日制博士生15名、全日制硕士研究生192名。根据学校研究院统计，我院2013年研究生科研成果总积分在全校40个培养单位中名列第5位，人均成果排名第3位。截至2015年7月，已经培养了1758名本科生、371名硕士和23名博士研究生。他们分布世界各地的学术界、工商界、和行政管理部门，有些已经成长为业务骨干、优秀人才和行业领导。学院为他们的成长和成才倍感自豪！
学院以国家“2011计划”为发展契机，依托重庆市新药创制产业技术创新战略联盟，以重庆市科委为指导、与重庆大学、重庆中药研究院、太极集团、希尔安药业等为核心以及多家境内外合作单位形成了政产学研用协同体，“三峡库区中药产业协同创新中心”因而成为西南大学首批6个2011协同创新中心之一（2012），也是重庆市教委批准成立的第二批“重庆市2011协同创新中心（2013）”。结合国家重大新药创制、三峡库区和武陵山经济协作区的特种药用资源，在药用植物资源、药用动物资源、药用微生物资源、药物制剂、生物医药分析方面做出了特色研究。为进一步推进协同中心的发展，学院在重庆希尔安药业有限公司、重庆华邦制药股份有限公司、重庆科瑞制药有限责任公司和重庆华森制药有限公司等20余家制药企业建立了研究生培养工作站和本科生实习实训基地，遍及重庆市各大区县和周边省份。为加快办学国际化，学院不断加大在海外进行师资培训的力度，加大派出本科生和研究生、接收来自海内外的本科生和研究生的力度，并探索研究生课程的全英文教学。与澳大利亚卧龙岗大学Illawarra保健与医学研究所(Illawarra Health and Medical Research Institute, University of Wollongong, Australia)、日本武藏野大学药学研究所(Musashino University, Pharmaceutical Science Research Institute, Tokyo, Japan)、香港浸会大学中医药学院、华盛顿大学医学院等国际著名大学的学院和研究所建立了人才联合培养、师资培训与交流、科研项目与协同创新等形式多样的合作关系。
学院通过承担一系列高水平的科研项目和打造一系列高水平的研究平台，努力培养高水平的创新性人才。有《光电传感与实时分析》(2007)和《纳米生物医药》(2013)两个重庆市高校创新团队。设立了现代生物医药研究所、药用资源化学研究所和中药研究所。建设有《重庆市现代中药生产力促进中心》、《重庆市药效评价工程技术研究中心》、《重庆市兽药工程技术研究中心》等省部级科研平台，有《发光与实时分析教育部重点实验室》中的生物医药分析方向，与生命科学学院共建教育部《脊椎动物器官发育与再生创新引智基地学院》，是重庆新药创制产业技术创新战略联盟常务副理事长单位，与企业合建了《重庆市金银花工程技术研究中心》和《重庆市黄连工程技术研究中心》。学院现正承担国家863和973项目、国家“重大新药创制”科技重大专项、国家自然科学基金重大研究计划、重点、面上及青年基金项目、重庆市重大科技专项、重点及面上项目、国家大学生创新性实验计划等各类教学和科研项目200余项, 在研经费3000余万元。近5年来,全院获省部级自然科学和科技进步等一等、二等等各种科研成果奖7项, 国家发明专利授权100多项, 在德国《应用化学》、《中国科学》等学术刊物上发表论文500多篇。良好的科研平台和创新氛围为本科生开展大学生创新计划和研究生的科学研究提供了优越的条件。
为加快医药学科的发展，西南大学已经启动了1.72万平米的新药学大楼建设工作。为加快人才引进，西南大学制定了依据重庆市“两江学者”特聘教授、重庆市“百人计划”特聘教授和重庆市“巴渝学者”特聘教授的“西南大学高端人才招聘计划”实施细则，并启动了包括“杰出人才延揽计划”、“优秀人才汇聚计划” 、“后备人才储备计划”、“学术团队引进计划”和“海外人才柔性引进方案”的“聚贤工程” 。根据学校的人才引进战略, 学院努力实施高端人才引进，诚纳天下贤士。并以药学博士后流动站这一平台，高薪招聘来自世界各国的优秀博士从事博士后研究。力争在“十三五”期间建设成3-5个省部级教学和科学研究团队，努力造就一支面向现代化、面向世界、面向未来、坚持基础药学研究与应用开发并重的一流师资队伍。